Решением Президиума Совета ФПБ 15 сентября 2003 года были внесены изменения в процедуру перехода первичных организаций из одного отраслевого профсоюза в другой в составе ФПБ. Как сообщили в пресс-службе ФПБ, необходимость изменения принятой еще в 1996 г. инструкции стала в последние годы очевидной. Прописанная в ней громоздкая и забюрократизированная схема перехода ставила первичную организацию в неоправданную зависимость от руководящего органа отраслевого профсоюза.
Процедура перехода излишне растягивалась во времени – до нескольких месяцев, текст инструкции допускал возникновение юридических коллизий. Некоторые республиканские отраслевые профсоюзные организации, ссылаясь на нормы Инструкции, а зачастую и просто прикрывая ею свои неправомерные действия, чинили всяческие препоны реализации воли первичных организаций профсоюзов на переход в другие профсоюзы. Получалось, что по положениям инструкции возможность перехода первичек в другой профсоюз практически исключалась. Сейчас схема значительно упрощена и дает больше прав самой первичной профсоюзной организации, позволяет сделать процедуру перехода первичной организации из одного профсоюза в другой четкой и прозрачной, а также исключить любую возможность давления на членов профсоюзов, шантажа и спекуляций вокруг процесса. Руководящему органу отраслевого профсоюза установлен десятидневный срок на снятие с профобслуживания выбывающей организации и направление в регистрирующий орган соответствующего заявления. В случае если в указанный срок эти документы не направляются, первичная организация имеет право обратиться по данному вопросу в ФПБ. Принимая решение о внесении в Инструкцию изменений и дополнений, члены Президиума Совета ФПБ подчеркнули, что это решение не противоречит организационному единству профсоюзов и направлено на более полную реализацию конституционного права граждан на свободу объединений.